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万佛阁几经历史兴衰，于文革期间被毁，1989年重建。如今的万佛阁由万佛楼、钟楼与鼓楼组成，阁内装置电梯，形成殿中有殿的格局，庄严气派，佛韵悠长。
建筑依城傍水，由低渐高，尤为特别是后法堂楼阁建在古城墙上，别具一格。大殿的钳状套式梁木结构镶接缜密，浑然一体，堪称古建筑的一绝，被定为奉贤区区级文物保护单位。
万佛阁在六百多年前原是乡间小庵。据民间传说，元朝末年有一富家女子抗婚外避，削发为尼。父母闻讯，后悔莫及。后出资在此建立了个小小的尼众庵堂，取名万佛阁。民众为该女子的刚烈秉性所感动，纷纷到此礼拜烧香。洪武年间为防海上倭寇的入侵，信国公汤和大将军，督筑奉城城墙，又将万佛阁就地重扩建在北门的月城湾内。后战乱等原因。先后几次重建，现留有《修建万佛阁碑记》则有详细记载。
1994年3月万佛阁大雄宝殿佛像开光庆典，2003年11月万佛楼落成及万佛开光庆典。随着时间的推移，万佛阁逐渐恢复，成了名副其实万佛阁。寺院气势宏伟，全寺有天王殿、大雄宝殿、万佛堂、万佛楼等建筑组成。
